Omegamon stellt sich Mephistomon entgegen, einem Digimon, das aus den verbliebenen Daten Apolalymons entstanden ist. Es plant sowohl die reale als auch die digitale Welt zu vernichten und wahrhaft unbesiegbar zu werden. Doch bevor Omegamon es vernichten konnte, verschwand das Digimon in der Welt der Menschen. Nun sind Takato, Guilmon und ihre Freunde an der Reihe die Welten zu retten.
